Прорыв атмосферы может произойти при случайном запусхе воздуха, повреждении смотровых окон, электрических вводов, сильфонов и т. д. Это приведет к порче продукта и остановке работы вакуумных насосов.

Магниторазрядные и криогенные насосы не чувствительны к прорыву атмосферы и после исправления ситуации могут быть вновь эапущены(после регенерации крионасоса).

Турбомолекулярные насосы могут быть повреждены, если в них попадут твердые мелкие частицы. Но защитная сетка должна иметь крупные ячейки, чтобы не уменьшать быстроту действия.

При попадании атмосферы в диффузионные насосы кипение прекращается, вакуумные рабочие жидкости окисляются, прикипают к элементам конструкции насоса или выбрасываются в форвакуумный насос.

При этом рабочая камера (если не перекрыт затвор) будет полиостью загрязнена углеводородами вакуумной рабочей жидкости.

Манометрические преобразователи, электронные пушки, смотровые окна необходимо снимать и чистить. Накаливаемые нити, электронные умножители необходимо заменить Можно попытаться прогреть сверхвысоковакуумную систему, в противном случае ее надо полностью разобрать и очистить.

Отключение электроэнергии при работе магниторазрядного насоса не приводит к негативным последствиям Легко восстанавливают свое действие после отключения электроэнергии ыагкиторазрядные, турбо-молекулярные и диффузионные вакуумные насосы. Для крионасоса необходимо провести регенерацию

Все высоковакуумные системы необходимо оснастить таким автомачески срабатывающим оборудованием, которое бы перекрывало вакуумную систему в случае аварии.

Отключение воды. Вода необходима для работы компрессора крионасоса, для охлаждения диффузионного и турбомолекулярного насоса,(хотя имеются конструкции с охлаждением воздухом) В электрическую цепь устанавливаются выключатели, связанные с датчиками температуры или расхода воды, которые прерывают подачу электроэнергии и отключают насос, если расход воды недостаточен.